Salón Principal
En este lugar se muestra un gran esqueleto de ballena que ha estado presenta en el Museo desde 1895. También en el salón están los animales embalsamados de la colección de grandes mamíferos.
Chile Biogeográfico
Esta exposición de carácter permanente, comienza con el origen del universo y continúa con una visión ecológica del territorio chileno. Las vitrinas y dioramas que se presentan en este recorrido recrean diferentes ambientes biogeográficos a lo largo y ancho de nuestro país. Pueden ver fotos, videos, audioguías, aplicaciones y mapa del recorrido aquí:
http://www.chilebiogeografico.cl/historia.html