Desde 2009 el Museo Nacional de Historia Natural ha trabajado desarrollando exposiciones temporales que ponen en valor colecciones de las distintas áreas del Museo.
- 2009-2010: Panubis, del antiguo Egipto a la Eternidad
- 2011-2012: Grandes Extinciones
- Primer Semestre 2013: Cuando Santiago era Mapocho
- Segundo semestre 2013: Gonfoterios, del imaginario a la ciencia
- Primer semestre 2014: El pequeño mundo de las plantas briófitas
- Segundo Semestre 2014: Margot Loyola: un poco campesina, un poco maestra, un poco cantora
- Primer semestre 2015: En preparación: Hongos, un reino por descubrir.
