La historia evolutiva de los camélidos comienza en América del Norte en el Eoceno tardío, hace unos 40 millones de años. Los fósiles indican que hace unos 20 millones de años, los camélidos dominaban las zonas planas de América del Norte. En esa época se pueden reconocer dos familias (Camelidae y Oromerycidae) que agruparon a lo menos siete subfamilias. Una de estas subfamilias, Camelinae, dio origen a todas las especies actuales.

Hace alrededor de tres millones de años, algunos ejemplares del grupo Camelinae emigraron a Asia por el estrecho de Bering, diversificándose en las dos especies de camellos que allí existen actualmente: el camello con dos jorobas (Camelus bactrianus) y el dromedario (Camelus dromedarius). Aproximadamente en la misma época, ejemplares del grupo Lamini perteneciente a la misma subfamilia Camelinae, emigraron por el istmo de Panamá (recién formado) hacia América del Sur.

En Sudamérica a partir de este antecesor sabemos que se formaron dos especies, el guanaco (Lama guanicoe) y la vicuña (Vicugna vicugna). El ingreso de los ancestros de nuestros camélidos habría ocurrido hace aproximadamente dos a tres millones de años. Posteriormente, hace unos 10 a 12 mil años, en el Pleistoceno, se extinguieron todos los camélidos que había en América del Norte.

Sin embargo en Sudamérica encontramos cuatro camélidos distintos. Algunos estudios indican que en algún momento de los últimos 10.000 años se habría producido la domesticación de las dos especies originales, guanaco y vicuña, y por selección en el cruzamiento se habrían logrado la llama (desde el guanaco) y la alpaca (desde la vicuña).

Se supone que estas domesticaciones y selección reproductiva las comenzaron los pobladores de los Andes peruanos hace unos 6.000 a 7.000 años en diferentes zonas. Mediante pruebas aportadas por el ADN se estima que hubo cuatro sitios distintos: el sur del Perú, norte de Chile, noroeste de Argentina y el oeste de Bolivia.

En la historia humana una gran cantidad de animales y plantas domésticas actuales son el resultado de este proceso de domesticación y selección, una evidencia más de la validez del proceso evolutivo.