El Museo Nacional de Historia Natural desde sus orígenes fue concebido como una Institución cultural especializada en materias científicas que dan cuenta sobre la Historia Natural y cultural de Chile. La misión que el Estado ha entregado a este museo desde su fundación en 1830 es la de conservar, investigar y difundir el conocimiento sobre el patrimonio natural y cultural del país, misión que permanece vigente hasta el presente. En ese contexto, el MNHN ha sido llamado a participar activamente en diferentes comisiones técnicas, convocadas por servicios de competencia ambiental (Ministerio de Medio Ambiente, Ministerio de Relaciones Exteriores, Servicio Agricola y Ganadero (SAG), Corporación Nacional Forestal (CONAF), Servicio Nacional de Pesca (Sernapesca), para aportar con información científica de primera mano en una variada gama de temas relacionados con la Protección del Medio Ambiente y la Conservación de la Diversidad Biológica de Chile.

El personal científico del museo posee una experiencia invaluable en el conocimiento de diferentes grupos biológicos (tanto de plantas como animales actuales y del pasado geológico, incluida también la antropología), e investiga y pone en valor el conocimiento de la Diversidad Biológica y Cultural. Por lo mismo, es requerido por el Estado de Chile a través de su institucionalidad ambiental y cultural para aportar con información, conocimiento y expertizaje en materias de su competencia para dar cumplimiento a los compromisos nacionales e internacionales.

El Museo ha participado en la definición y elaboración del Plan de Acción País y ha pasado a formar parte junto a otras instituciones del Estado, del Comité Operativo del Plan de Acción, encargado de implementar y hacer un seguimiento de las acciones comprometidas.

Por otra parte, y de conformidad a la normativa medioambiental el Museo, fue nominado oficialmente como integrante del Comité Nacional de Clasificación de Especies, del Comité Nacional de Humedales (Convención de Ramsar), del Comité de Planes de Recuperación de Especies, del Comité Operativo para el Control de Especies Invasoras (COCEI), del Comité Nacional de Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES) y de la Convención sobre la Conservación de las Especies Migratorias de Animales Silvestres (CMS o Convención de Bonn).

La CITES (sigla del nombre en inglés) es un convenio multinacional destinado a regular el comercio y transporte de animales y plantas silvestres considerados como amenazados o en riesgo de estarlo. Para su aplicación cada país designa Autoridades Científicas, Administrativas y de Observancia. Para flora no forestal y fauna terrestre Chile ha nominado al Museo Nacional de Historia Natural como Autoridad Científica. Estos nombramientos han sido ratificados por la Secretaría CITES en Suiza y están en plena vigencia. Actualmente se tramita en el Congreso Nacional, a requerimiento de la Convención, un proyecto de ley que formaliza la implementación del Convenio en el país.