Los virreyes y oidores dictaban normas a los encomenderos sobre el trato de los indios, y estos respondían quejándose. Algunos curas denunciaban los maltratos y matanzas a los indígenas, mientras que otros enfatizaban la extirpación de idolatrías, intentando convertirlos a toda fuerza al catolicismo. Algunos españoles eran procesados por la inquisición, mientras otros pedían en sus testamentos que les dedicaran misas cantadas para salvar su alma. Supervisores de minas daban cuenta su producción y gobernadores intentaban castigar sublevaciones indígenas que luchaban por librarse del peso del servicio personal y el despojo de sus tierras. Todo esto y mucho más, quedó registrado en un gigantesco archivo que contiene la información administrativa producida durante aquellos siglos de dominación hispana en América y las islas Filipinas. Se trata del Archivo General de Indias, ubicado actualmente en Sevilla, España.

La documentación colonial española se conserva hoy en un lugar que contiene alrededor de unos 8 kilómetros lineales de archivos. Son millones de documentos que narran la historia interna del funcionamiento de las colonias españolas, sirviendo muchas veces de insumo a los funcionarios del rey con el fin de contestar peticiones especiales de mérito de servicios, o bien, denuncias sobre el trato a los indígenas y otras situaciones que acontecían en América. Los documentos son manuscritos, algunos con cinco siglos de antigüedad, escritos con pluma y tinta en una caligrafía que a la vista de hoy parece a veces indescifrable. Si bien el lenguaje no es tan distinto del español actual, los historiadores deben aprender a leer aquellas grafías antiguas y así descifrar su contenido. Ya que los escribanos públicos debían redactar una gran cantidad de documentos, y muchas veces debían transcribir a tiempo real los testimonios de un proceso judicial, la velocidad de escritura no favorecía el tener una letra estandarizada y no era extraño que utilizasen muchas abreviaturas o que no separasen una palabra de otra por medio de un espacio. Es por ello que la tarea de transcribir dichos documentos requiere de un esfuerzo titánico, el cual poco a poco se ha ido realizando a través del tiempo. Destaca sobre todo el trabajo de José Toribio Medina, quien transcribió docenas de dichos documentos, los cuales han sido publicados bajo una serie llamada “Documentos Inéditos para la Historia de Chile”, publicada originalmente en 30 volúmenes entre 1888 y 1902.

El Archivo General de Indias como tal fue creado oficialmente en 1785 por el rey Carlos III en Sevilla, utilizando el antiguo edificio de la Casa de Contratación, la cual era la principal institución desde donde se autorizaba la entrada y salida de personas y bienes hacia Las Américas.  El antiguo archivo de documentos de las Américas estaba ubicado en Simancas, pero en dicha época fue trasladado completamente a Sevilla. Entre sus joyas documentales hay documentos del mismo Cristóbal Colón, además de Hernando de Magallanes, Francisco Pizarro, Hernán Cortés, entre otros personajes de la conquista.

Para el caso de Chile, los documentos principales presentes son aquellos de su Audiencia, de la cual existió primero una en Concepción hasta 1575, y luego en Santiago a partir de 1609. Allí hay documentos de los cabildos, encomiendas de indios, confirmaciones de cargos públicos, asuntos de la iglesia, comercio, impuestos, temas militares y en general, todo aquello concerniente a la administración local del territorio. Los miles de manuscritos que componen este fondo son y serán fuente inagotable de información histórica sobre el colonialismo español y los procesos de transformación y sometimiento forzado de las sociedades indígenas. Parte de dichos archivos se encuentra en formato digital y se puede consultar en línea en el sitio web: http://pares.mcu.es/ParesBusquedas/servlets/Control_servlet. El resto de los documentos manuscritos es de consulta libre para investigadores en sala en las dependencias del archivo, el cual es una mina de oro de información, dispuesta a revelarse a quien pacientemente pueda descifrarlos y así obtener nuevas interpretaciones sobre nuestra historia antes de la independencia de Chile.